Volkswagen Group (к тому времени уже крупнейший производитель автомобилей в Европе) и раньше демонстрировала устойчивый интерес к бренду из Млада-Болеслава. В 1987 году Петр Хрдличка (Petr Hrdlička), глава Департамента по развитию, представил в Вольфсбурге прототип нового переднеприводного автомобиля Skoda Favorit, который прошел всестороннюю проверку со стороны Volkswagen. Подробная информация о новой модели и понимание её потенциала сделали марку Skoda еще более привлекательной для Volkswagen Group. Другим доводом стали хорошо образованные, креативные и мотивированные сотрудники чешского бренда. 9 декабря 1990 года правительство Чехии решило: Volkswagen Group станет стратегическим партнером Skoda. 28 марта 1991 года Ян Врба (Jan Vrba), занимавший тогда пост министра промышленности Чехии, и Карл Хан (Dr. Carl Hahn), являвшийся генеральным директором Volkswagen, подписали контракт об интеграции автопроизводителя Skoda в состав Volkswagen Group. 16 апреля 1991 года документ вступил в силу, дополненный взносом в уставный капитал и акционерным соглашением. За вклад в 620 миллионов немецких марок, который был вносился на протяжении 1991 года, Volkswagen Group приобрела 31 процент акций компании из Млада-Болеслава. Впоследствии Volkswagen Group постепенно увеличивала свою долю и стала единственным владельцем акционерного общества Skoda 30 мая 2000 года.
На протяжении последних 25 лет динамичное развитие Skoda обеспечивалось комплексной инвестиционной программой, которая тесно координировалась с другими брендами группы. В период с 1991 по март 2016 года компания Skoda инвестировала более 300 млрд крон (около 11 млрд евро) в новые модели, исследования и разработки, а также в расширение производственных мощностей в Чехии. Кроме того, Skoda является единственной компанией, которая не только производит автомобили в Чехии, но и разрабатывает их на территории страны. Весной 1991 года отдел развития Skoda состоял из 600 человек, сегодня же около 2000 высококвалифицированных специалистов работают в сфере высоких технологий, разработок и дизайна на заводе в Млада-Болеславе. Они отвечают за разработку высококачественных автомобилей, обладающих всеми ключевые преимуществами марки Skoda, такими как впечатляющая вместительность, высокая функциональность и инновационные технологии. После интеграции Skoda в структуру Volkswagen Group производственная сеть из трех действующих заводов марки в Млада-Болеславе, Квасинах и Врхлаби была дополнена мощностями Volkswagen Group в Китае, Индии, России и Словакии. Также к сборочным комплексам относятся площадки в Казахстане и на Украине.